PyMOLの使い方

PyMOLの使い方

PyMOLはタンパク質をWindows上でも表示できるソフトである。特徴として (1)RasMol等と比較して非常に美しいグラフィック表示。 (2)Raster3D形式のファイルを読み込むことができる。 (3)電子密度図(ccp4形式)を表示することができる。 (4)振動や、回転などの表示が可能。 といった点が挙げられる。このソフトはいろいろ機能がついているが、ここでは、役にたつ機能を厳選して紹介する。

<目次>
  1. PyMOLのダウンロード
  2. PDBの表示、色の変更
  3. MOUSEコントロールの仕方
  4. 回転アニメーション、振動アニメーションの設定の仕方
  5. 電子密度図の読み込み、表示
  6. Rater 3Dファイルの読み込み

PyMOLのダウンロード

PyMOLのWebサイトからソフトをダウンロードします。Windowsにダウンロードする場合の注意点ですが、コンピュータの使用者の名前が、日本語にしてある場合はうまくインストールできないこともあるようです。その場合は、新しくユーザーを作成すれば、そこにインストールできます。

PyMOLの起動はスタートメニューから選択する方法と、ショートカットのPyMOLWin.exeをクリックする方法があります。

PDBの表示、色の変更

PDBファイルの読み込み方は2種類あります。一番簡単な方法は、File>Openから目的のPDBを選択する方法です。もう1つの方法は、コマンドで
load C:\protein.pdb
といったように入力する方法です。この時に注意ですが、日本語環境の場合、デスクトップ上のファイルは認識できないことがあるようなので、Cの直下などにあらかじめファイルを移動しておいた方がよさそうです。

PDBの表示は、右の方にあるA,S,H,L,Cと書いた(下の図参照)バーで簡単に変更できます。

メニューバー

もし、Cartoon表示がしたいのなら、Showボタン(Sと書かれたボタン)を押して

cartoon

Cartoonを選べば、Cartoon表示された分子が描かれます。消したい表示があれば、Hideボタン(Hと書かれたボタン)で選択すれば画面上から消えます。

同様に色についても変更できます。お勧めの配色は、

color

Colorボタン(Cと書かれたボタン)からspectrumを選んでrainbowを選択すれば、虹色の美しい画像が得られます。ちなみに背景の色を変更したい時には、Display>Backgroundから選択します。

background

MOUSEコントロールの仕方

mouse分子を回転する
mouseXY方向に移動する
mouse大きさを変える
mouseスラブの調整。右上でスラブを手前に、左下で奥に移動。右下でスラブを薄く、左上でスラブを厚くする。
mouse回転の中心を設定する

回転アニメーション、振動アニメーションの設定の仕方

まず、始めにアニメーションに使用するフレーム数を設定する。例えば、30のフレームから成り立つアニメーションを作るならば、
mset 1 x30
と入力する。次に動作を設定する。振動アニメーションであれば、「util.mrock」というコマンドを使ってこのように入力する。
util.mrock(1,30,10,1,1)
この場合は、30枚のフレームで、振動角(degrees)は10degreesで振るという意味になる。回転アニメーションの場合には、「util.mroll」というコマンドを使ってこのように入力する。
util.mroll(1,30,1)

動く絵

うまくできれば、上図のようになるはずです。ちなみに、動画を保存するには、
mpng sample
などというように入力すれば、この場合ならば、「sample001.png sample002.png・・・」といったようにフレーム数分のファイルが作成されます。また、メニューから選んでも同様にできます。この後、動画の作成方法ですが、無料でGifアニメーションを作るにはLinux版のImageMagickが良いようです。また、PhotoShopに付属のImage Readyなどでも作成できます。

電子密度図の読み込み、表示

まず、読み込める電子密度図の種類ですが、CNSとXPLOR ASCIIフォーマットらしいです。(詳しくないので、よく分かりません。)○○.mapという拡張子のファイルは表示できます。Turbo形式は表示できません。このファイルの場所は、どこでもいいのですが、デスクトップはうまく認識されないことがあるので、あまりお勧めしません。

電子密度図を読み込む時には、コマンドを打ち込んで読み込みます。
load 2fofc.map,map1,1,ccp4
この場合の意味は、2fofc.mapというファイルを読み込んでmap1という名前にしなさい。ファイルの種類はccp4である。という意味です。

電子密度図を表示するには、以下のコマンドを入力します。
isomesh msh1,map1,1.0
この意味は、map1の周りにワイヤーフレームで描かれた電子密度図を表示しなさい。その図の名前はmsh1で、レベルは1.0にしなさい。という意味です。表示すると、おそらく真っ白になると思いますが、慌てず、マウスのホイールを回すか、シフトキーを押しながら、マウスの右ボタンを押しながら右下へドラッグしましょう。

電子密度図

上の図は、電子密度図を先ほどの振動アニメーションのコマンドを使って表示したものです。若干、もとの分子が見にくいですが、これは色のセンスの問題だと思います。

Rater 3Dファイルの読み込み

Raster 3DのファイルはPDBファイルと同じように読み込むことができます。File>Openから選択。もしくは、コマンドのloadを使って表示してください。

Raster3D

回転や拡大など自由にできますが、ただ画像の保存はできないみたいなのが、残念。


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